Никольская церковь была построена в селе Владыкино в 1825 году на средства помещицы Агриппины Петровны Бедняковой (ур. Демидовой), супруги действительного статского советника Андрея Лукича Беднякова. Каменную церковь построили в стиле классицизм. Она была покрыта железом, с южной и северной стороны имелись по четыре колонны (разрушены в советское время, в настоящее время восстановлены). Изначально церковь была холодная, лишь в 1878 году в ней установили печи. Церковь была однопрестольная, освящена во имя святителя и чудотворца Николая. При ней имелась каменная сторожка.

На каменной колокольне размещались шесть колоколов. Пять из них, весом в 1 пуд 1 фунт, 2, 3, 7 и 18 пудов, были приложены ещё к старой деревянной церкви. Самый большой колокол, весом в 49 пудов 39 фунтов, был приложен действительным статским советником Андреем Бедняковым. Церковный приход был открыт в 1829 году. В 1867 году Саратовское Епархиальное начальство разрешило отреставрировать в Никольской церкви иконы Спасителя, Божией Матери, Иоанна Крестителя, святого Василия Великого и святой Параскевы Мученицы; приобрести новые хоругви и перелить разбитый колокол весом в один пуд с употреблением на это кошельковой суммы 50 рублей серебром. При церкви имелся певческий хор (на 1878—1881).

Из крупных жертвователей Никольской церкви известны только Демидовы. Так, в 1870 году землевладелец Евгений Николаевич Демидов пожертвовал ризы, стихари и одежды на престол, жертвенник и аналогий из форменной зелёной шёлковой материи с золотыми крестами; епитрахиль, пояса и одну пару поручей из красного бархата; подризник из серебряного глазета и возду́хи из золотого глазета всего на сумму в 333 рубля.

В дальнейшем жертвователем стала его сноха — Софья Михайловна Демидова. Так, в 1889 году она пожертвовала в церковь полное священническое облачение, стоимостью 110 рублей; на следующий год — священническое и дьяконское облачение из золотой парчи, траурное облачение из чёрного манчестера и на ремонт церкви 600 рублей, а всего на 1060 рублей. В 1894 году Софья Михайловна пожертвовала в церковь 1020 рублей на её благоукрашение.

Никольская церковь была закрыта решением Саратовского крайисполкома, предположительно, в 1936 году. В 1937 году Президиум Ртищевского райисполкома направил запрос в Президиум Саратовского облисполкома на санкционирование разборки здания владыкинской церкви, с использованием материала от разборки здания на строительство объектов в городе Ртищево. Однако разрешение на разборку церкви получено не было.

После 1937 года в здании церкви был устроен склад. 31 мая 1949 года вышло распоряжение Президиума Ртищевского райисполкома об использовании склада ёмкостью 200 тонн, расположенного в здании бывшей церкви села Владыкино, под глубинный ссыпной пункт. Склад в помещении церкви размещался вплоть до 1990 года.

13 ноября 1990 года в селе Владыкино был вновь открыт православный приход. В этот день в присутствии благочинного Саратовского округа протоиерея Николая Константиновича Архангельского и уполномоченного по делам религий Саратовского облисполкома Владимира Григорьевича Аникеева в селе состоялось приходское собрание. Настоятелем прихода был временно назначен священник ртищевской Александро-Невской церкви Пётр Никанорович Державин.

Летом 1991 года началась реставрация Никольской церкви. Одним из инициаторов её восстановления стал владыкинский краевед Алексей Николаевич Карасёв. Иконы для владыкинской церкви были написаны ртищевским художником Сергеем Григорьевичем Хлебалиным. 12 сентября 1991 года Владыкинский приход посетил высокопреосвященный архиепископ Саратовский и Вольский Пимен. К сентябрю 1993 года были восстановлены крыша, подвальное помещение церкви, установлены купол и крест. 1 сентября 1994 года состоялось освящение надвратной иконы Николая Угодника и креста. Вскоре после этого службы в храме вновь прекратились. Службы в селе возобновились в начале 2004 года, когда в приход был назначен иерей Иоанн Бештень. Литургии проходили по воскресеньям и праздничным дням в молельном доме, располагавшимся недалеко от школы. В 2007 году в храме произведено перекрытие крыши, центрального купола, установлен крест на центральный купол и др. В 2008 году ремонтные работы были продолжены. Реконструкция церкви ведётся при непосредственном участии и помощи полковника запаса Владимира Николаевича Лукашова, детство которого прошло во Владыкино.

5 июня 2017 года благочинный Ртищевского округа иерей Илия Астахов в сослужении настоятеля храма иеромонаха Нестора (Бузланова) и дьякона Алексия Петсольд совершили праздничный молебен и чин благословения новосозданного образа Святителя Николая. Надвратная икона выполнена в стиле мозаичной фрески и изготовлена на средства благотворителя храма В. Н. Лукашова.

Приказом Министерства культуры Саратовской области от 19 июня 2001 № 1-10/177 «Об утверждении списка вновь выявленных объектов историко-культурного наследия, расположенных на территории Саратовской области», здание Никольской церкви села Владыкино внесено в список выявленных памятников историко-культурного наследия области.

Церковно-социальная деятельность: приход осуществляет сотрудничество со средней общеобразовательной школой № 9 г.Ртищево. Периодически проводятся беседы с учащимися и преподавателями. Организован сбор и раздача малоимущим одежды, посещение прихожанами больных.

В селе сохранился уникальный Владыкинский приусадебный парк — природно-исторический памятник, парк занимает площадь в 44 га в долине реки Изнаир. В парке расположен Святой родник Николая Чудотворца.