Иоанновский женский монастырь освящен в честь святого праведного Иоанна Кронштадтского, посетившего село Алексеевка Хвалынского района, где он останавливался и служил в храме во время своего плавания по Волге в 1894 году. Село Алексеевка Хвалынского района Саратовской области исторически связано с именем святого праведного Иоанна Кронштадтского. Здесь он останавливался и служил в храме во время своего плавания по Волге в 1894 году.Деревянная церковь с колокольней была построена в селе Алексеевка в 1778 году тщанием прихожан. В 1870 году церковь была перестроена. В штате причта состояли священник, диакон и псаломщик, проживавшие в общественных домах. В 1873 году в селе открылась земская школа.

В 1930 году из Сергиевской церкви были изъяты колокола, а сам храм предполагалось передать под клуб мастеров судоремонтного затона. В 1931 году было решено передать церковь под детский садик. До наших дней здание церкви не сохранилось.

Строительство нового храмового здания и зданий, объединенных в храмовый комплекс, началось в 2006 году и шло быстрыми темпами.

В феврале 2008 года храмовый комплекс получил статус подворья Свято-Алексиевского женского монастыря Саратова. Настоятельницей подворья была назначена монахиня Еликонида (Лысенко).

27 декабря 2008 года Епископ Саратовский и Вольский Лонгин совершил Великое освящение нового Свято-Сергиевского храма и первую Божественную Литургию.

14 июня 2013 года, в день памяти святого праведного Иоанна Кронштадтского, согласно постановлению Священного Синода Русской Православной Церкви от 12 марта 2013 года, в селе Алексеевка Хвалынского района Саратовской области был открыт женский монастырь во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского., а настоятельница монастыря монахиня Еликонида (Лысенко) в этот же день за Божественной литургией была возведена в сан игумении.
Церковно-социальная деятельность:

Духовенство и насельницы монастыря духовно окормляют престарелых людей, проживающих в интернате для ветеранов и инвалидов с. Алексеевка. Монастырем осуществляется сотрудничество со средней общеобразовательной школой с. Алексеевка и воспитанниками коррекционной школы с. Алексеевка: проводятся встречи с педагогами и учащимися школ.